Repositorio de documentación del clúster HPC ctcomp2

(Volver a la Guía de usuario del clúster HPC ctcomp2)

• 8 servidores blade HP Proliant BL685c G7
  • 4x AMD Opteron 6262HE (16 cores, 1.6GHz, 16MB L3)
• 2 switches 10Gb dúales: Blade HP 6120xg
• (Exclusivos iSCSI) 2 switches 1Gb: HP GbE2c Layer 2/3 Ethernet Blade

En ctcomp2 el tamaño del heap de JAVA está limitado al 25% del límite de memoria de la correspondiente cola y, en cualquier caso, con un tamaño máximo de 8 GB. Esta limitación garantiza que las aplicaciones JAVA consuman más recursos de los asignados.

Los usuarios pueden utilizar otros tamaños de heap en sus trabajos si modifican, antes de ejecutar JAVA, el valor de la opción -Xmx de JAVA a través de la variable _JAVA_OPTIONS. Por ejemplo, si queremos que el heap tenga 16 GB, el comando sería:

export _JAVA_OPTIONS=-Xmx16777216K

Al modificar el tamaño del heap el usuario debe asegurarse, bajo su responsabilidad, que el conjunto de procesos que se estén ejecutando concurrentemente en su trabajo no sobrepase el límite de memoria establecido en la correspondiente cola, ya que en ese caso el trabajo será cancelado automáticamente.

Los usuarios que ejecuten en sus trabajos una sola instancia de java (independientemente de los threads que ejecute) podrán establecer sin riesgo el tamaño del heap en un valor cercano al límite de memoria de la correspondiente cola.

Ejemplo de instalación del paquete nnet en el $HOME de usuario del clúster ctcomp2. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en unha sesión interactiva en el frontend.

1. Crear un directorio ~/libR:

   mkdir ~/libR

2. Iniciamos una sesión interactiva:

   qsub -I -q interactive

3. Arrancar el entorno R:

   module load R
   R

4. Ejecutar el siguiente comando dentro de R:

   install.packages("nnet",lib="~/libR/", repos="http://cran.es.r-project.org/")

5. Para usar un paquete instalado en ~/libR/, ejecutar dentro de R:

   library("nnet", lib.loc="~/libR/")

En principio, es posible instalar cualquier paquete presente en el índice de paquetes de python. A continuación mostramos un ejemplo de instalación/actualización/desinstalación del paquete pywavelets en el $HOME de usuario del clúster ctcomp2. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en una sesión interactiva en el frontend.

Ejecutar el siguiente comando en bash:

pip install --install-option="--user" pywavelets

Ejecutar el siguiente comando en bash:

pip install --upgrade pywavelets

Ejecutar el siguiente comando en bash:

pip uninstall pywavelets