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centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:quick_reference [2013/05/14 19:16] – diego.rodriguez | centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:quick_reference [Unknown date] (actual) – eliminado - edición externa (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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Liña 1: | Liña 1: | ||
- | ===== Guía de referencia del clúster HPC ctcomp2 ===== | ||
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- | # Acceso | ||
- | ssh -p < | ||
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- | # importar | ||
- | scp -p < | ||
- | fich_orixe | ||
- | nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es: | ||
- | scp -p < | ||
- | dir_orixe | ||
- | nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es: | ||
- | |||
- | # exportar | ||
- | scp -p < | ||
- | nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es: | ||
- | fich_destino | ||
- | scp -p < | ||
- | nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es: | ||
- | dir_destino | ||
- | </ | ||
- | # Gestión de módulos | ||
- | module avail | ||
- | module list | ||
- | module load < | ||
- | module unload < | ||
- | module purge | ||
- | </ | ||
- | # Compilación GCC | ||
- | gcc -O exemplo.c | ||
- | g++ -O exemplo.cpp -o exe | ||
- | gfortran -O exemplo.f | ||
- | </ | ||
- | < | ||
- | # Compilación OpenMP (+GCC) | ||
- | gcc -O -fopenmp exemplo.c | ||
- | g++ -O -fopenmp exemplo.cpp -o exe-omp | ||
- | gfortran -O -fopenmp exemplo.f | ||
- | </ | ||
- | < | ||
- | # Compilación OpenMPI (+GCC) | ||
- | module load openmpi | ||
- | mpicc -O exemplo.c | ||
- | mpicxx -O exemplo.cpp | ||
- | mpif77 -O exemplo.f | ||
- | </ | ||
- | < | ||
- | # Manejo de la cola de trabajos | ||
- | chmod u+x myjob.sh | ||
- | qsub myjob.sh | ||
- | qstat | ||
- | qstat -q | ||
- | pbsnodes | ||
- | qdel < | ||
- | qsub -q short myjob.sh | ||
- | qsub -q bigmem myjob_64ppn.sh | ||
- | qsub -I -q interactive | ||
- | </ | ||
- | < | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # --- Ejemplo de configuración PBS --- # | ||
- | #PBS -l nodes=1: | ||
- | #PBS -N proba-PBS | ||
- | #PBS -e mySTD.err | ||
- | #PBS -o mySTD.out | ||
- | #PBS -m ae -M nome.apelido@usc.es | ||
- | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
- | ./ | ||
- | </ | ||
- | |||
- | |||
- | |||
- | < | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # --- Ejemplo de ejecución: nodos Intel --- # | ||
- | #PBS -l nodes=1: | ||
- | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
- | ./ | ||
- | </ | ||
- | |||
- | < | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # --- Ejemplo de ejecución: nodos AMD --- # | ||
- | #PBS -l nodes=1: | ||
- | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
- | ./ | ||
- | </ | ||
- | |||
- | |||
- | < | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # --- Ejemplo trabajo secuencial --- # | ||
- | #PBS -l nodes=1: | ||
- | #PBS -N ej-secuencial | ||
- | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
- | (cd dir1; ./exec1) & | ||
- | (cd dir2; ./exec2) & | ||
- | (cd dir3; ./exec3) & | ||
- | (cd dir4; ./exec4) & | ||
- | wait | ||
- | </ | ||
- | |||
- | < | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # --- Ejemplo trabajo JAVA --- # | ||
- | #PBS -l nodes=1: | ||
- | #PBS -N ej-java | ||
- | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
- | module load java | ||
- | java executable | ||
- | </ | ||
- | |||
- | < | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # --- Ejemplo trabajo OpenMP --- # | ||
- | #PBS -l nodes=1: | ||
- | #PBS -N ej-openmp | ||
- | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
- | export OMP_NUM_THREADS=64 | ||
- | ./ | ||
- | </ | ||
- | |||
- | < | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # --- Ejemplo trabajo MPI --- # | ||
- | #PBS -l nodes=2: | ||
- | #PBS -N ej-mpi | ||
- | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
- | module load openmpi | ||
- | mpirun -np 128 ./ | ||
- | </ | ||
- | |||
- | < | ||
- | #/bin/bash | ||
- | # --- Ejemplo trabajo R --- # | ||
- | #PBS -l nodes=1: | ||
- | #PBS -N ej-R | ||
- | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
- | module load R | ||
- | R --no-save < test.R | ||
- | </ | ||
- | |||
- | < | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # --- Ejemplo trabajo MATLAB --- # | ||
- | #PBS -l nodes=1: | ||
- | #PBS -N ej-MATLAB | ||
- | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
- | module load matlab | ||
- | matlab -r test -nodisplay -nojvm -singleCompThread | ||
- | # -r: | ||
- | # (!) Incluir la orden quit al final del fichero | ||
- | # -nodisplay: sin display X. | ||
- | # -nosplash: sin pantalla inicial (OPCIONAL) | ||
- | # -nojvm: sin entorno java (OPCIONAL) | ||
- | # -singleCompThread: | ||
- | </ | ||
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- | |||