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| centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2 [2013/10/01 13:29] – [Guía de usuario del clúster ctcomp2] diego.rodriguez | centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2 [2017/04/26 11:18] – [Table] fernando.guillen |
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| ===== Guía de usuario del clúster ctcomp2 ===== | ===== Guía de usuario del clúster ctcomp2 ===== |
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| {{:centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:citius_cap-ug.pdf|Guía de usuario v1.2 [Septiembre 2013]}} | <columns 100% 50%> |
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| ^ **DIRECTORIO** || | Si quieres utilizar el clúster por primera vez, debes solicitar acceso a citius.tic@usc.es o [[https://citius.usc.es/dashboard/enviar-incidencia|abriendo una incidencia]]. |
| | [[centro:servizos:hpc?&#preguntas_frecuentes|Preguntas frecuentes]]| **ctcomp2 for the impatients** (old version):\\ <video width=480 height=320> | |
| :centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:ctcomp2_for_impatients_verylow.webm</video>| | |
| | [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:quick_reference|Guía de referencia]]|:::| | |
| | [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:catalogo|Catálogo de servicios]]|:::| | |
| | **[[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio|Repositorio de documentación]]**\\ Cómo instalar paquetes R/Python/Octave |:::| | |
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| | <note important> La primera vez que entras, el par de claves pública/privada se genera automáticamente, ya no es necesario generarlas como aparece en el vídeo introductorio.</note> |
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| | **Descarga la {{:centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:citius_cap-ug.pdf|Guía de usuario v1.2 [Septiembre 2013] en PDF}} ** |
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| | **Otros contenidos:** |
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| | * [[centro:servizos:hpc?&#preguntas_frecuentes|Preguntas frecuentes]] |
| | * [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:quick_reference|Guía de referencia]] (¡ejemplos!) |
| | * [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:catalogo|Catálogo de servicios]] (módulos disponibles) |
| | * [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio|Repositorio de documentación]] (descripción hardware, particularidades con JAVA, Python...) |
| | * [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:bios|Descripción de los procesadores y opciones de la BIOS]] |
| | <newcolumn> |
| | **ctcomp2 para impacientes** (old version):\\ <video width=480 height=320>:centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:ctcomp2_for_impatients_verylow.webm</video>| |
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| | </columns> |
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| ==== Introducción==== | ==== Introducción==== |
| ==== Acceso al clúster ctcomp2 ==== | ==== Acceso al clúster ctcomp2 ==== |
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| Los servicios del clúster son accesibles a través del ''frontend'' (''ctcomp2.inv.usc.es''). El acceso remoto a este servidor se realiza mediante ''ssh'' (//secure shell//). Se utiliza el sistema de autentificación centralizado del CITIUS. | Los servicios del clúster son accesibles a través del ''frontend'' (''ctcomp2.inv.usc.es''). El acceso remoto a este servidor se realiza mediante ''ssh'' (//secure shell//). Se utiliza el sistema de autentificación centralizado del CITIUS. //Nota: En caso de tener problemas accediendo con el nombre completo del equipo, se puede utilizar la IP en su lugar: ''172.16.242.122''.// |
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| * ''-e'' Indica el fichero en el que se redireccionará la salida estándar de error de nuestro ejecutable. Por defecto, la salida estándar de error se redirecciona a un fichero con extensión ''.eXXX'' (donde ''XXX'' representa el identificador PBS del trabajo). \\ Ej: ''#PBS -e mySTD.err'' | * ''-e'' Indica el fichero en el que se redireccionará la salida estándar de error de nuestro ejecutable. Por defecto, la salida estándar de error se redirecciona a un fichero con extensión ''.eXXX'' (donde ''XXX'' representa el identificador PBS del trabajo). \\ Ej: ''#PBS -e mySTD.err'' |
| * ''-o'' Indica el fichero en el que se redireccionará la salida estándar de nuestro ejecutable. Por defecto, la salida estándar se redirecciona a un fichero con extensión ''.oXXX'' (donde ''XXX'' representa el identificador PBS del trabajo). \\ Ej: ''#PBS -o mySTD.out'' | * ''-o'' Indica el fichero en el que se redireccionará la salida estándar de nuestro ejecutable. Por defecto, la salida estándar se redirecciona a un fichero con extensión ''.oXXX'' (donde ''XXX'' representa el identificador PBS del trabajo). \\ Ej: ''#PBS -o mySTD.out'' |
| * ''-m'' Indica el tipo de eventos que serán notificados por correo electrónico. Los argumentos posibles de esta opción son: ''b'' cuando el trabajo se emita a los nodos, ''a'' en caso de que se aborte la ejecución del trabajo inexperadamente y/o ''e'' cuando el trabajo termine su ejecución sin ningún incidente. Estos argumentos no son excluyentes y se pueden combinar.\\ Ej: ''#PBS -m ae'' | * ''-m'' Indica el tipo de eventos que serán notificados por correo electrónico. Los argumentos posibles de esta opción son: ''n'' para no recibir ningún correo o cualquier combinacion de entre ''b'' cuando el trabajo se emita a los nodos, ''a'' en caso de que se aborte la ejecución del trabajo inexperadamente y/o ''e'' cuando el trabajo termine su ejecución sin ningún incidente. Estos argumentos no son excluyentes y se pueden combinar.\\ Ej: ''#PBS -m ae'' |
| * ''-M'' Indica la dirección de correo en la que se notificarán los eventos indicados con la opción ''-m''.\\ Ej: ''#PBS -M nombre.usuario@usc.es'' | * ''-M'' Indica la dirección de correo en la que se notificarán los eventos indicados con la opción ''-m''.\\ Ej: ''#PBS -M nombre.usuario@usc.es'' |
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| La siguiente tabla resume las características de las colas de usuario y de sistema del clúster ''ctcomp2'': | La siguiente tabla resume las características de las colas de usuario y de sistema del clúster ''ctcomp2'': |
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| ^ Cola ^ Límites ^^^^^^ | ^ Cola ^ Límites |||||| |
| ^ ::: ^ Procesos ^ Nodos ^ Memoria (GB) ^ Trabajos/usuario ^ Tiempo máximo (horas) ^ Prioridad ^ | | ::: ^ Procesos ^ Nodos ^ Memoria (GB) ^ Trabajos/usuario ^ Tiempo máximo (horas) ^ Prioridad((Mayor número = mayor prioridad)) ^ |
| | ''batch'' | 1-64 | - | - | 128 | - | 1 | | | ''batch'' | 1-64 | - | - | 256 | - | 1 | |
| | ''short'' | 1-16 | - | - | 256 | - | 3 | | | ''short'' | 1-16 | - | - | 256 | - | 3 | |
| | ''bigmem'' | 64 | - | - | 8 | - | 2 | | | ''bigmem'' | 64 | - | - | 8 | - | 2 | |
| | ''interactive'' | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 7 | | | ''interactive'' | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 7 | |
| | ''np1'' | 1 | 1 | 1,99 | 120 | 672 | 6 | | | ''np1'' | 1 | 1 | 1,99 | 300 | 672 | 6 | |
| | ''np2'' | 2 | 2 | 3,75 | 120 | 192 | 5 | | | ''np2'' | 2 | 2 | 3,75 | 150 | 192 | 5 | |
| | ''np4'' | 4 | 4 | 7,5 | 60 | 192 | 4 | | | ''np4'' | 4 | 4 | 7,5 | 75 | 192 | 4 | |
| | ''np8'' | 8 | 5 | 15 | 60 | 192 | 4 | | | ''np8'' | 8 | 5 | 15 | 40 | 192 | 4 | |
| | ''np16'' | 16 | 5 | 31 | 15 | 192 | 3 | | | ''np16'' | 16 | 5 | 31 | 20 | 192 | 3 | |
| | ''np32'' | 32 | 5 | 63 | 15 | 288 | 2 | | | ''np32'' | 32 | 5 | 63 | 10 | 288 | 2 | |
| | ''np64'' | 64 | 5 | 127 | 3 | 384 | 1 | | | ''np64'' | 64 | 5 | 127 | 5 | 384 | 1 | |
| | ''parallel'' | 32-160 | 5 | 64 | 15 | 192 | 3 | | | ''parallel'' | 32-160 | 5 | 64 | 15 | 192 | 3 | |
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| | * Procesos: Número máximo de procesos por trabajo en esta cola. |
| | * Nodos: Número máximo de nodos en los que se ejecutará el trabajo en esta cola. |
| | * Memoria: Cantidad de memoria virtual máxima usada de modo concurrente por todos los procesos del trabajo. |
| | * Trabajos/usuario: Número máximo de trabajos por usuario en esta cola. Es independiente del estado de dichos trabajos. |
| | * Tiempo máximo (horas): tiempo real máximo durante el que el trabajo puede estar en ejecución. |
| | * Prioridad: Prioridad de la cola de ejecución frente a las otras. Un valor más alto expresa una mayor prioridad. Nótese que esto implica que ante la falta de otros criterios, cualquier trabajo enviado con qsub sin definir parámetros se ejecutará en np1 con los límites de dicha cola. |
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