Acceso ao clúster e copia de arquivos

O acceso dos usuarios ao clúster realízase a través dunha máquina virtual independente denominada frontend, cunhas prestacións limitadas e unicamente preparado para xestionar ficheiros e enviar traballos ao sistema de colas do clúster. Non está permitida a execución de código nesta máquina.

O acceso realízase mediante ssh co usuario do CiTIUS. Para poder acceder precisas ter o servizo activado previamente. Comproba que o teñas activado en https://citius.usc.es/me.

ssh -p 1301  usuario_citius@ctcomp2.inv.usc.es # 172.16.242.122

Pódese engadir tamén o argumento -X para activar a redireción das X e poder executar aplicacións que requiran modo gráfico.

Os sistemas de ficheiros do clúster son independentes, así que é preciso copiar todos os ficheiros precisos para a execución do programa (por exemplo, o código fonte ou os ficheiros de entrada).

Non se realizan copias de seguridade destes directorios, polo que deben pórse a recado os arquivos importantes e non deixalos almacenados no clúster por un período prolongado.

O usuario dispón dos seguintes directorios para situar os ficheiros relacionados cos seus traballos:

  • /home/local/nome.apelido/
    O $HOME efectivo do usuario e é accesible por todos os nodos e o frontend. Por defecto, será o directorio de referencia nas execucións dos códigos nos nodos computacionais.
  • /sfs/nome.apelido/
    Tamén está accesible por todos os nodos e o frontend. Debe empregarse coma espazo auxiliar durante a execución de traballos, para o almacenamento de ficheiros temporais grandes. Para poder utilizarse debe solicitarse a creación dun directorio aos administradores.
  • /scratch/
    Directorio local a cada un dos nodos para o almacenamento temporal local durante a execución dunha tarefa. Non é visible dende o resto de nodos nin dende o frontend. Todos os usuarios poden ler e escribir en calquera parte, polo que se recomenda traballar nun subdirectorio e non no directorio principal. O contido bórrase regularmente.

Para copiar arquivos entre o clúster e o equipo do usuario, pódese utilizar o comando scp.

scp -P 1301 [-r] <origen> <destino>

Os argumentos deste comando son:

  • -r (opcional) É un argumento que se emprega cando orixe é un directorio, e indica que se debe copiar de maneira recorrente o contido do directorio. Se non se especifica este argumento, só se pode copiar arquivo a arquivo.
  • <orixe> Indica a ruta completa do ficheiro/directorio que se copiará.
  • <destino> Indica a ruta completa onde queremos situar a copia do ficheiro/directorio.

Exemplos:

cluster$ scp -P 1301  nome.apelido@ctXXX.inv.usc.es:/datos/work/un.fichero  ~/work/
cluster$ scp -P 1301  -r nome.apelido@ctXXX.inv.usc.es:/datos/work/directorio/  ~/work/
equipo$ scp -P 1301 /datos/work/un.fichero  nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es:~/work/
equipo$ scp -P 1301  -r /datos/work/directorio/   nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es:~/work/

Alternativamente, dende o equipo do usuario, pódense empregar outros clientes de SFTP como Winscp o Filezilla.

  • centro/servizos/hpc/acceso_al_cluster.txt
  • Última modificación: 2018/12/17 17:26
  • por jorge.suarez