Acceso al cluster y copia de archivos

El acceso de los usuarios al clúster se realiza a través de una máquina virtual independiente, que denominamos frontend(ctcomp2.inv.usc.es). Este frontend tiene unas prestaciones limitadas y únicamente está preparado para gestionar ficheros y enviar trabajos al sistema de colas del clúster. No está permitida la ejecución de código en esta máquina.

El acceso remoto al frontend se realiza mediante ssh (secure shell). Se utiliza el sistema de autenticación centralizado del CITIUS. Nota: En caso de tener problemas accediendo con el nombre de host del equipo, se puede utilizar la dirección IP en su lugar: 172.16.242.122.

local$ ssh [-X] -p 1301  usuario_citius@ctcomp2.inv.usc.es
Password:
ctcomp2$ 

El argumento -X es opcional. Activa la redirección de las X. Es un requisito imprescindible para ejecutar aplicaciones que requieran modo gráfico.

Los sistemas de ficheros del cluster son independientes y están aislados de la red del CITIUS, por lo que es necesario importar al espacio de usuario del clúster todos los ficheros necesarios para la ejecución de nuestros programas (por ejemplo, el código fuente o los ficheros de entrada del programa).

El usuario dispone de los siguientes espacios, dentro del sistema de ficheros del clúster, para ubicar los ficheros relacionados con sus trabajos:

• /home/local/nombre.apellido/
  Este directorio es el $HOME del usuario <nombre.apellidos> y es accesible por todos los nodos del clúster incluido el frontend. Por defecto, será el directorio de referencia en las ejecuciones de los códigos en los nodos computacionales. Los usuarios que necesiten gestionar ficheros muy grandes deberán hacerlo a través del directorio /sfs/.

• /sfs/
  Este directorio también está compartido entre los nodos de computación y el frontend. Podrá utilizarse como espacio auxiliar durante la ejecución de trabajos, para el almacenamiento de ficheros temporales que deban estar accesibles en todos los nodos o para almacenar los ficheros resultado de una ejecución. En este directorio no se garantiza la conservación permanente de los ficheros que no hayan sido accedidos en los últimos 30 días. Se recomienda utilizar nombres de ficheros/directorios que identifiquen claramente al binomio usuario/programa, para evitar potenciales conflictos entre usuarios.

• /scratch/
  Cada nodo computacional del clúster dispone de un directorio scratch local que puede ser utilizado para almacenamiento temporal local durante la ejecución de una tarea. El contenido de un directorio scratch no es visible desde el resto de nodos. El contenido de este directorio no estará accesible desde el frontend, por lo que no es un lugar adecuado para guardar ficheros con resultados. El contenido de este directorio podrá ser borrado en cualquier momento. Se recomienda utilizar nombres de ficheros/directorios que identifiquen claramente al binomio usuario/programa, para evitar potenciales conflictos entre usuarios.

Para importar y exportar los archivos necesarios dentro y fuera del cluster se usa el comando scp, que permite el intercambio de ficheros con otros sistemas conectados en red. La sintaxis del comando scp es la siguiente:

scp -P 1031 [-r] <direccion_origen> <direccion_destino>

Los argumentos de este comando son:

• -r (opcional) Es un argumento que se utiliza cuando direccion_origen es un directorio, e indica que se debe copiar de manera recursiva el contenido del directorio.
• <direccion_origen> Indica la ruta completa del fichero/directorio que se copiará.
• <direccion_destino> Indica la ruta completa donde queremos ubicar la copia del fichero/directorio.

A modo de ejemplo, se muestran varios ejemplos de importación de ficheros. En estos ejemplos, se supone que el puesto de trabajo habitual del usuario nombre.apellido es ctXXX.inv.usc.es. El fichero/directorio que queremos importar está situado en ctXXX.inv.usc.es, en el directorio /datos/work/, y queremos hacer una copia en el espacio de usuario del clúster en el directorio work del $HOME del usuario.

Si ejecutamos scp desde el propio clúster después de haber iniciado una sesión por ssh:

ct$ scp -P 1031  nome.apelido@ctXXX.inv.usc.es:/datos/work/un.fichero  ~/work/
ct$ scp -P 1031  -r nome.apelido@ctXXX.inv.usc.es:/datos/work/directorio/  ~/work/

Si ejecutamos scp desde nuestro equipo:

local$ scp -P 1031 /datos/work/un.fichero  nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es:~/work/
local$ scp -P 1031  -r /datos/work/directorio/   nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es:~/work/