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es:centro:servizos:hpc:envio_trabajo [2016/02/12 10:10] – [Consultar cola] fernando.guillenes:centro:servizos:hpc:envio_trabajo [2017/10/09 11:13] (actual) – [Table] diego.cougil
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-[[ es:centro:servizos:hpc#instrucciones_de_uso_del_cluster| >> Volver a la página principal del cluster ]] 
- 
 ====== Envío y gestión de los trabajos ====== ====== Envío y gestión de los trabajos ======
-<note tip> +
-Para todos los comandos mencionados en esta página existe la correspondiente página del MAN. +
-</note>+
 ===== Enviar los trabajos al sistema de colas ===== ===== Enviar los trabajos al sistema de colas =====
 +--------------
 El envío de trabajos se realiza a través del comando qsub, cuyo argumento obligatorio es el nombre de un script de shell.  El envío de trabajos se realiza a través del comando qsub, cuyo argumento obligatorio es el nombre de un script de shell. 
 <code> <code>
Línea 13: Línea 10:
  
 ===== Consultar el estado del trabajo, las colas o los nodos ===== ===== Consultar el estado del trabajo, las colas o los nodos =====
-Los comandos ''qstat'' y ''pbsnodes'' permiten al usuario consultar el estado de la cola PBS. +--------------- 
 +==== Información de las colas ==== 
 +El comando ''qstat'' permite consultar el estado de las colas, 
    
-<code bash> 
-ct$ qstat  # Información de los trabajos de usuario  
-Job id                    Name             User               Time Use S Queue 
-------------------------- ---------------- ---------------    -------- - ----- 
-999999.ctcomp2            nombre_del_trabajo nombre_usuario   38:05:59 R np32        
- 
-</code> 
- 
- 
 <code bash> <code bash>
 ct$ qstat -q # Información global de las colas ct$ qstat -q # Información global de las colas
Línea 50: Línea 40:
                                                        0                                                        0
 </code> </code>
 +La columna State indica con su primera letra si la cola está (E)nabled o (D)isabled y con la segunda letra si la cola está (R)unning o (S)topped.
 +
 +==== Información de los trabajos ====
 +Cada vez que se envía un trabajo se le asigna un JOB_ID que sirve como identificador único. Si el trabajo se envió con la opción -t entonces se identificará mediante ''job_id[indice]''.
 +
 +<code bash>
 +ct$ qstat  # Información general de los trabajos de usuario 
 +Job id                    Name             User               Time Use S Queue
 +------------------------- ---------------- ---------------    -------- - -----
 +999999.ctcomp2            nombre_del_trabajo nombre_usuario   38:05:59 R np32       
 +</code>
 +La columna Time Use muestra el tiempo de CPU usado.
 +La columna S es el estado del trabajo, que puede ser uno de los siguientes:
 +                 C -  Job is completed after having run
 +                 E -  Job is exiting after having run.
 +                 H -  Job is held.
 +                 Q -  job is queued, eligible to run or routed.
 +                 R -  job is running.
 +                 T -  job is being moved to new location.
 +                 W -  job is waiting for its execution time(-a option) to be reached.
 +
 +<code bash>
 +ct$ qstat -f 999999.ctcomp2   # Información sobre un trabajo específico
 +Job Id: 999999.ctcomp2.innet
 +    Job_Name = nombre_del_trabajo
 +    Job_Owner = nombre_usuario@ctcomp2.innet
 +    job_state = Q
 +    queue = np32
 +    server = ctcomp2.innet
 +    Checkpoint = u
 +    ctime = Fri Feb 12 10:09:34 2016
 +    Error_Path = ctcomp2.innet:/home/local/nombre_usuario/nombre_del_trabajo.e999999
 +    Hold_Types = n
 +    Join_Path = n
 +    Keep_Files = n
 +    Mail_Points = ae
 +    Mail_Users = nombre_usuario@usc.es
 +    mtime = Fri Feb 12 10:09:34 2016
 +    Output_Path = ctcomp2.innet:/home/local/nombre_usuario/nombre_trabajo.o999999
 +    Priority = 0
 +    qtime = Fri Feb 12 10:09:34 2016
 +    Rerunable = True
 +    Resource_List.neednodes = 1:ppn=32:intel:xeonl
 +    Resource_List.nodect = 1
 +    Resource_List.nodes = 1:ppn=32:intel:xeonl
 +    Resource_List.vmem = 63gb
 +    Resource_List.walltime = 12:00:00
 +    substate = 10
 +    Variable_List = PBS_O_QUEUE=batch,PBS_O_HOME=/home/local/nombre_usuario,
 + PBS_O_LOGNAME=nombre_usuario,
 + PBS_O_PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games,
 + PBS_O_MAIL=/var/mail/nombre_usuario,PBS_O_SHELL=/bin/bash,
 + PBS_O_LANG=es_ES.UTF-8,PBS_O_WORKDIR=/home/local/nombre_usuario,
 + PBS_O_HOST=ctcomp2.innet,PBS_O_SERVER=ctcomp2
 +    euser = nombre_usuario
 +    egroup = citius
 +    queue_rank = 2110
 +    queue_type = E
 +    etime = Fri Feb 12 10:09:34 2016
 +    submit_args = script.sh
 +    fault_tolerant = False
 +    job_radix = 0
 +    submit_host = ctcomp2.innet
 +
 +</code>
 +Una característica interesante de los trabajos finalizados es el EXIT_STATUS que se mostraría cuando el JOB_STATE es C. 
 +^  Código interno        Valor de EXIT_STATUS  ^  Significado                                                                       ^
 +|  JOB_EXEC_OVERLIMIT    -10                                                                                                      |
 +|  JOB_EXEC_STDOUTFAIL  |  -9                    |                                                                                    |
 +|  JOB_EXEC_CMDFAIL      -8                    |  Exec() of user command failed                                                     |
 +|  JOB_EXEC_BADRESRT    |  -7                    |  Job restart failed                                                                |
 +|  JOB_EXEC_INITRMG      -6                    |  Job aborted on MOM init, chkpt, ok migrate                                        |
 +|  JOB_EXEC_INITRST      -5                    |  Job aborted on MOM init, chkpt, no migrate                                        |
 +|  JOB_EXEC_INITABT      -4                    |  Job aborted on MOM initialization                                                 |
 +|  JOB_EXEC_RETRY        -3                    |  Job execution failed, do retry                                                    |
 +|  JOB_EXEC_FAIL2        -2                    |  Job execution failed, after files, no retry                                       |
 +|  JOB_EXEC_FAIL1        -1                    |  Job execution failed, before files, no retry                                      |
 +|  JOB_EXEC_OK          |  0                      Job execution successful                                                          |
 +|                        1-256                  Exit status of the top-level shell                                                |
 +|                        >256                  |  Trabajo terminado por una señal UNIX, restarle 256 nos da el número de la señal.  |
 +
 +<code bash>
 +ct$ checkjob 999999.ctcomp2                # Información sobre un trabajo específico
 +
 +checking job 999999
 +
 +State: Running
 +Creds:  user:nombre_usuario  group:citius  class:np32  qos:DEFAULT
 +WallTime: 00:25:46 of 12:00:00
 +SubmitTime: Tue Feb 16 10:40:31
 +  (Time Queued  Total: 00:00:01  Eligible: 00:00:01)
 +
 +StartTime: Tue Feb 16 10:40:32
 +Total Tasks: 32
 +
 +Req[0]  TaskCount: 32  Partition: DEFAULT
 +Network: [NONE]  Memory >= 0  Disk >= 0  Swap >= 0
 +Opsys: [NONE]  Arch: [NONE]  Features: [active][intel][xeonl]
 +Allocated Nodes:
 +[inode15:32]
 +
 +
 +IWD: [NONE]  Executable:  [NONE]
 +Bypass: 0  StartCount: 1
 +PartitionMask: [ALL]
 +Flags:       RESTARTABLE
 +
 +Reservation '137092' (-00:25:32 -> 11:34:28  Duration: 12:00:00)
 +PE:  32.00  StartPriority:  21
 +</code>
 +
 +<code bash>
 +ct$ tracejob -n 3 999999.ctcomp2   # Devuelve el contenido de los logs relativos al jobid indicado.
 +Job: 136553.ctcomp2.innet
 +
 +02/10/2016 15:22:26  S    enqueuing into batch, state 1 hop 1
 +02/10/2016 15:22:26  S    dequeuing from batch, state QUEUED
 +02/10/2016 15:22:26  S    enqueuing into np1, state 1 hop 1
 +02/10/2016 15:22:26  S    Job Run at request of citiuscap@ctcomp2.innet
 +02/10/2016 15:22:26  S    Not sending email: User does not want mail of this type.
 +02/10/2016 15:22:26  A    queue=batch
 +02/10/2016 15:22:26  A    queue=np1
 +02/10/2016 15:22:26  A    user=nombre_usuario group=citius
 +                          jobname=nombre_trabajo queue=np1 ctime=1455114146 qtime=1455114146 etime=1455114146 start=1455114146 owner=nombre_usuario@ctcomp2.innet exec_host=inode19/24 Resource_List.neednodes=1:ppn=1 Resource_List.nodect=1 Resource_List.nodes=1:ppn=1 Resource_List.vmem=2040mb Resource_List.walltime=12:00:00
 +02/10/2016 16:08:34  S    Exit_status=0 resources_used.cput=00:46:14
 +                          resources_used.mem=234868kb resources_used.vmem=1002480kb
 +                          resources_used.walltime=00:46:08
 +02/10/2016 16:08:34  S    on_job_exit valid pjob: 999999.ctcomp2.innet (substate=50)
 +02/10/2016 16:08:34  A    user=nombre_usuario group=citius jobname=nombre_trabajo queue=np1 ctime=1455114146 qtime=1455114146 etime=1455114146 start=1455114146 owner=nombre_usuario@ctcomp2.innet exec_host=inode19/24 Resource_List.neednodes=1:ppn=1 Resource_List.nodect=1 Resource_List.nodes=1:ppn=1 Resource_List.vmem=2040mb Resource_List.walltime=12:00:00 session=7304 end=1455116914 Exit_status=0 resources_used.cput=00:46:14 resources_used.mem=234868kb resources_used.vmem=1002480kb resources_used.walltime=00:46:08
 +02/10/2016 17:08:35  S    dequeuing from np1, state COMPLETE
 +</code>
 +
 +
 +==== Información de los nodos ====
 +Para obtener una vista global del estado del cluster se puede utilizar el comando ''nodes-usage''.
 +<code bash>
 +$ nodes-usage
 ++----------------------------------+-------------------+
 +| USAGE                            | NODE              |
 ++----------------------------------+-------------------+
 +| ################################ | node1 (64/64)     |
 +| ################################ | node2 (64/64)     |
 +|                                  | node3 (0/64)      |
 +| ################################ | node4 (64/64)     |
 +|                                  | node5 (0/64)      |
 +| ################################ | node6 (64/64)     |
 +|                                  | node7 (0/64)      |
 +|                                  | inode11 (0/32)    |
 +|                                  | inode12 (0/??   |
 +|                                  | inode13 (0/32)    |
 +|                                  | inode14 (0/32)    |
 +|                                  | inode15 (0/??   |
 +|                                  | inode16 (0/32)    |
 +|                                  | inode17 (0/??   |
 +|                                  | inode18 (0/??   |
 +| ##                               | inode19 (2/32)    |
 +| ############################     | inode20 (28/32)   |
 ++----------------------------------+-------------------+
 +| ##############                   | TOTAL (286/640)   |
 ++----------------------------------+-------------------+
 +</code>
 +
 +Para obtener información sobre los usuarios que se encuentran en cada nodo, se puede utilizar el comando ''node-users <nodo>'':
 +
 +<code bash>
 +$ node-users node1
 +Tracing node jobs...................................................................
 +jorge.suarez natalia.fernandez
 +</code>
 +
 +Para obtener información más detallada sobre los nodos, se puede utilizar el comando ''pnbsnodes'':
 +
 <code bash> <code bash>
 ct$ pbsnodes  #Información detallada de todos los nodos ct$ pbsnodes  #Información detallada de todos los nodos
Línea 97: Línea 259:
  
 ===== Eliminar un trabajo de la cola ===== ===== Eliminar un trabajo de la cola =====
- +------------- 
-El comando ''qdel'' permite al usuario eliminar un trabajo de la cola PBS, antes de que sea emitido a los nodos computacionales para su ejecución. Este comando necesita como argumento el identificador que PBS le asigna cuando se registra un nuevo trabajo, y que se puede consultar con ''qstat''.+El comando ''qdel'' permite al usuario eliminar un trabajo. Funciona enviándole primero una señal TERM y luego una KILL. Este comando necesita como argumento el identificador que PBS le asigna cuando se registra un nuevo trabajo, y que se puede consultar con ''qstat''.
  
 <code> <code>