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es:centro:servizos:hpc:escribir_script [2016/02/15 09:44] – fernando.guillenes:centro:servizos:hpc:escribir_script [2017/10/09 10:27] (actual) – [Variables de entorno durante la ejecución] diego.cougil
Línea 6: Línea 6:
 === Compilación C/C++/Fortran === === Compilación C/C++/Fortran ===
  
-La colección de compiladores GNU (GNU Compiler Collection, GCC) es accesible en el clúster a través de sus comandos y opciones habituales. Por defecto, los compiladores instalados en el sistema pertenecen a la versión 4.7.2 de GCC (versión por defecto del SO).((Esta versión de los compiladores disponen de una opción de optimización (''march'') para generar código específico para la arquitectura de los nodos del clúster (procesadores Opteron 6200 series, 15th Family //Bulldozer// Interlagos). Esta opción de compilación no garantiza el cumplimiento del estándar matemático definido en GCC, por lo que no se recomienda su uso, salvo en aquellos casos en los que se conozca en profundidad el comportamiento de las opciones de compilación.))+La colección de compiladores GNU (GNU Compiler Collection, GCC) es accesible en el clúster a través de sus comandos y opciones habituales. Por defecto, los compiladores instalados en el sistema pertenecen a la versión 4.9.2 de GCC (versión por defecto del SO).((Esta versión de los compiladores disponen de una opción de optimización (''march'') para generar código específico para la arquitectura de los nodos del clúster (procesadores Opteron 6200 series, 15th Family //Bulldozer// Interlagos). Esta opción de compilación no garantiza el cumplimiento del estándar matemático definido en GCC, por lo que no se recomienda su uso, salvo en aquellos casos en los que se conozca en profundidad el comportamiento de las opciones de compilación.))
  
 <code bash> <code bash>
Línea 47: Línea 47:
 El comando ''modules'' permite gestionar, de manera eficaz y consistente, múltiples versiones de librerías y sofware para que el usuario utilice la versión adecuada en función de sus requerimientos. Su funcionamiento se basa en el encapsulamiento, dentro de un módulo, de las variables de entorno relacionadas con una versión de software determinada. De este modo, es el propio usuario quien gestiona la utilización de las diferentes versiones de software disponibles en el sistema. El comando ''modules'' permite gestionar, de manera eficaz y consistente, múltiples versiones de librerías y sofware para que el usuario utilice la versión adecuada en función de sus requerimientos. Su funcionamiento se basa en el encapsulamiento, dentro de un módulo, de las variables de entorno relacionadas con una versión de software determinada. De este modo, es el propio usuario quien gestiona la utilización de las diferentes versiones de software disponibles en el sistema.
  
-La gestion, a nivel de usuario, de los módulos se realiza con el comando ''modules'' :+La gestión, a nivel de usuario, de los módulos se realiza con el comando ''modules'' :
  
 <code bash> <code bash>
Línea 61: Línea 61:
   * ''load'' Activa el módulo ''module_name''   * ''load'' Activa el módulo ''module_name''
   * ''unload'' Desactiva el módulo ''module_name''   * ''unload'' Desactiva el módulo ''module_name''
-  * ''purge'' Desactiva todos los los módulos de la sesión actual.+  * ''purge'' Desactiva todos los módulos de la sesión actual.
  
  
Línea 69: Línea 69:
 Se recomienda utilizar este comando de **manera interactiva**. Su uso dentro de ''.bashrc'' para cargar automáticamente //módulos// habituales no está recomendado, ya que todos los scripts que se ejecuten leen este fichero. Se recomienda utilizar este comando de **manera interactiva**. Su uso dentro de ''.bashrc'' para cargar automáticamente //módulos// habituales no está recomendado, ya que todos los scripts que se ejecuten leen este fichero.
  
-Se recomienda **utilizar las versiones por defecto de los difentes módulos**. En cualquier caso, el comando ''module avail'' porporciona una lista completa de todos los los módulos y versiones disponibles.+Se recomienda **utilizar las versiones por defecto de los diferentes módulos**. En cualquier caso, el comando ''module avail'' proporciona una lista completa de todos los módulos y versiones disponibles.
  
 ==== Variables de entorno durante la ejecución ==== ==== Variables de entorno durante la ejecución ====
 Por defecto, el entorno de ejecución del sistema Torque/PBS define algunas variables de entorno que pueden ser utilizadas dentro de los scripts (lista completa en el MAN de ''qsub''): Por defecto, el entorno de ejecución del sistema Torque/PBS define algunas variables de entorno que pueden ser utilizadas dentro de los scripts (lista completa en el MAN de ''qsub''):
-  *  ''PBS_O_WORKDIR'': contiene el //path// del directorio de trabajo (''$PWD'') desde donde se ha ejecutado el comando ''qsub''. Es útil para establer un directorio de referencia durante la ejecución de los trabajos indicados.+  *  ''PBS_O_WORKDIR'': contiene el //path// del directorio de trabajo (''$PWD'') desde donde se ha ejecutado el comando ''qsub''. Es útil para establecer un directorio de referencia durante la ejecución de los trabajos indicados.
   * ''PBS_ARRAYID'': contiene el índice del array correspondiente cuando el trabajo se lanza con la opción -t.   * ''PBS_ARRAYID'': contiene el índice del array correspondiente cuando el trabajo se lanza con la opción -t.
   * ''PBS_JOBID'': el job_id asignado al trabajo.   * ''PBS_JOBID'': el job_id asignado al trabajo.