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--- es:centro:servizos:hpc:referencia_software [2016/11/10 12:44] – fernando.guillen
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-[[ es:centro:servizos:hpc#instrucciones_de_uso_del_cluster| >> Volver a la página principal del cluster ]]
+===== Información del software disponible =====
-===== Catálogo de servicios del clúster HPC ctcomp2 =====
 ===== Compiladores =====
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 ^ Módulo             | <code>module load jdk/1.8.0_25</code>  |
+El tamaño del //heap// de JAVA está limitado al 25% del límite de memoria de la correspondiente cola y, en cualquier caso, con un **tamaño máximo de 8 GB**. Esta limitación garantiza que las aplicaciones JAVA no consuman más recursos de los asignados.
+Los usuarios pueden utilizar otros tamaños de //heap// en sus trabajos si modifican, antes de ejecutar JAVA, el valor de la opción ''-Xmx'' de JAVA a través de la variable ''_JAVA_OPTIONS''. Por ejemplo, si queremos que el //heap// tenga 16 GB, el comando sería:
+<code>
+export _JAVA_OPTIONS=-Xmx16777216K
+</code>
 <html>
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 Python 2.7.3</code>  |
 ^ Módulo        | - (nativo del sistema)                          |
-^ :!: Paquetes | En en sistema solo está instalado el sistema base: \\ Los usuarios deben instalar otros paquetes en su ''$HOME'' \\ (Información en la página de [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio|documentación]]) |
+^ :!: Paquetes | En en sistema solo está instalado el sistema base: \\ Los usuarios deben instalar otros paquetes en su ''$HOME''  |
+Es posible instalar cualquier paquete presente en el [[http://pypi.python.org/pypi|índice de paquetes de python]]. A continuación mostramos un ejemplo de instalación/actualización/desinstalación del paquete ''pywavelets'' en el ''$HOME'' de usuario del clúster ''ctcomp2''. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en una __sesión //interactiva// en el ''frontend''__.
+<note important>Si obtenemos un error:
+<code>Please install a more recent version first, using
+'easy_install -U distribute'.
+</code>
+Debemos ejecutar el comando ''easy_install -U --user distribute'', para actualizar la base de datos en el espacio de usuario.
+</note>
+== Instalación ==
+Ejecutar el siguiente comando en bash:
+<code>
+python -m pip install --user pywavelets
+</code>
+== Actualización ==
+Ejecutar el siguiente comando en bash:
+<code>
+python -m pip install --upgrade pywavelets
+</code>
+== Desinstalación ==
+Ejecutar el siguiente comando en bash:
+<code>
+python -m pip uninstall pywavelets
+</code>
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 ^ Módulo         | <code>module load matlab/R2011a
 module load matlab/R2012a</code> |
-^ ::: | Versión por defecto: R2011a \\ (Hay más licencias 2011, como se explica en [[http://www.usc.es/gl/servizos/atic/software/catalogo/matlab/index.html|ATIC USC]]) |
+^ Comentarios   |Es posible que ejecuciones largas aparezca el siguiente //warning//:\\ ''Your MATLAB session has timed out.  All license keys have been returned.''\\ Aparentemente, este //warning// no afecta a las ejecuciones activas de MATLAB.|
-^ Comentarios   | Es posible que ejecuciones largas aparezca el siguiente //warning//:\\ ''Your MATLAB session has timed out.  All license keys have been returned.''\\ Aparentemente, este //warning// no afecta a las ejecuciones activas de MATLAB. |
+^  :::  |MATLAB emplea internamente, y de manera transparente al usuario, threads para paralelizar ciertas operaciones, por lo que se puede utilizar reservando varios núcleos computacionales dentro de un mismo nodo. Sin embargo, en las versiones instaladas no es posible controlar esta característica, por lo que MATLAB utiliza todos los recursos del nodo asignado, independientemente de los recursos solicitados. Para evitar posibles cancelaciones debido a un uso indebido de los recursos asignados,  __se recomienda a los usuarios utilizar el paralelismo implícito de MATLAB solo cuando se reserve en exclusividad un nodo del clúster__. En cualquier otro caso, se recomienda solicitar únicamente un núcleo computacional y utilizar la opción ''-singleCompThread'', que desactiva el paralelismo implícito de MATLAB para realizar una ejecución secuencial. En este ejemplo, el nombre del script es ''test.m''.|
+<code>
+#!/bin/bash
+#PBS -l nodes=1:ppn=1,walltime=1:00:00
+#PBS -N ej-MATLAB
+cd $PBS_O_WORKDIR
+module load matlab
+matlab -r test -nodisplay -nojvm -singleCompThread
+# -r:         indicar el fichero a ejecutar (sin .m)
+# IMPORTANTE: incluir la orden quit al final del fichero
+# -nodisplay: sin display X.
+# -nosplash:  sin pantalla inicial (OPCIONAL)
+# -nojvm:     sin entorno java (OPCIONAL)
+# -singleCompThread: ejecuta MATLAB secuencialmente
+</code>
 <html>
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 ==== Octave ====
-| [[http://www.mathworks.es/products/matlab/]] ||
+| [[https://www.gnu.org/software/octave/]] ||
 ^ Versión        | 3.6.2 |
 ^ Módulo         | - (nativo del sistema) |
-^ Comentarios   | En en sistema solo está instalado el sistema base: \\ Los usuarios deben instalar otros paquetes en su ''$HOME'' \\ (Información en la página de [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio|documentación]])  |
+^ Comentarios   | En en sistema solo está instalado el sistema base: \\ Los usuarios deben instalar otros paquetes en su ''$HOME''|
+Es posible instalar cualquier paquete presente en el [[http://octave.sourceforge.net/packages.php|índice de paquetes de octave]]. A continuación mostramos un ejemplo de instalación del paquete ''image'' en el ''$HOME'' de usuario del clúster ''ctcomp2'', utilizando una __sesión //interactiva// (''qsub -I -q interactive'')__.
+  * Iniciamos una sesión ''octave'':<code>
+octave
+</code>
+  * Definimos el lugar de instalación de los paquetes en el ''$HOME'' de usuario (en este ejemplo, instalaremos los paquetes en el directorio ''/home/local/my.user.name/.octave-pkgs''):<code>
+pkg prefix /home/local/my.user.name/.octave-pkgs /home/local/my.user.name/octave
+</code>
+  * Invocamos al gestor de paquetes de Octave (''dpk'') e instalamos el paquete ''image'' (también instalamos las depencias):<code>
+pkg install -local -forge control
+pkg install -local -forge general
+pkg install -local -forge specfun
+pkg install -local -forge signal
+pkg install -local -forge image
+</code>
+  * Para usar los paquetes instalados en una sesión de Octave, simplemente hai que invocarlos a través del gestor de paquetes de Octave:<code>
+pkg load image
+</code>
 <html>
 </html>
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 module load R/3.2.2
 module load R/3.3.1</code> |
-^ :!: Paquetes | Solo está instalado el sistema base: \\ Los usuarios deben instalar otros paquetes en su ''$HOME''. \\ (Información en la página de [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio|documentación]]) |
+^ :!: Paquetes | Solo está instalado el sistema base: \\ Los usuarios deben instalar otros paquetes en su ''$HOME''. |
+Cómo instalar paquetes R:
+Ejemplo de instalación del paquete ''nnet'' en el ''$HOME'' de usuario del clúster ''ctcomp2''. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en unha __sesión //interactiva// en el ''frontend''__.
+  - Crear un directorio ''~/libR'':<code>
+mkdir ~/libR
+</code>
+  - Iniciamos una [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2#Ejecuciones interactivas|sesión interactiva]]:<code>
+qsub -I -q interactive
+</code>
+  - Arrancar el entorno R:<code>
+module load R
+R
+</code>
+  - Ejecutar el siguiente comando dentro de R:<code>
+install.packages("nnet",lib="~/libR/", repos="http://cran.es.r-project.org/")
+</code>
+  - Para usar un paquete instalado en ''~/libR/'', ejecutar dentro de R:<code>
+library("nnet", lib.loc="~/libR/")
+</code>
 <html>
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 ^ Versiones        | 6.1.5 (2012-2013) |
 ^ Módulo             | <code>module load cadence</code>  |
-^ :!: Comentarios | Antes de arrancar ''ocean'' es necesario ejecutar\\ ''source /optct/cadence/2012-2013/lnx86/cadence.bash'' \\ y arrancar ''ocean'' dentro de un entorno de X simulado\\ ''xvfb-run -a -n 80 -s "-screen 0 640x480x16" ocean < script.ocn''\\ (Información en la página de  [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio|documentación]]) |
+^ :!: Comentarios | Antes de arrancar ''ocean'' es necesario ejecutar\\ ''source /optct/cadence/2012-2013/lnx86/cadence.bash'' \\ y arrancar ''ocean'' dentro de un entorno de X simulado\\ ''xvfb-run -a -n 80 -s "-screen 0 640x480x16" ocean < script.ocn'' |
+Ocean/Cadence no se puede ejecutar directamente en ''ctcomp2'', aunque sea con la opción ''-nograph'', ya que no es capaz de arrancar las X's. Teoricamente, la opción ''nograph'' precisamente haría que ''ocean'' se pudiese ejecutar sin X, pero el problema es que, con esta opción, ''ocean'' trata de arrancan un sistema X //falso// que tampoco funciona.
+La solución para solventar este inconveniente en ''ctcomp2'' es crear nuestro propio entrono X //falso// antes de executar ''ocean'' (sin la opción ''nograph''). Utilizamos el comando ''xvfb-run'' para crear ese entorno X.
+Por lo tanto, para ejecutar ''script.cdn'', guardando la salida de ''ocean'' en ''fichero.log'', la secuencia de comandos a ejecutar es:
+<code>
+module load cadence
+source /optct/cadence/2012-2013/lnx86/cadence.bash
+xvfb-run -a -n 80 -s "-screen 0 640x480x16" ocean < script.ocn > fichero.log
+</code>