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Catálogo de servicios del clúster HPC ctcomp2

Compiladores

GCC

http://gcc.gnu.org/
Versión 
$ gcc --version 
gcc (Debian 4.7.2-5) 4.7.2
Módulo - (nativo del sistema)

<html> </html>

Java

http://www.java.com/es/download/
Versión 
$ java -version
java version "1.7.0_07"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_07-b10)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 23.3-b01, mixed mode)
Módulo 
module load jdk
Versión 
$ java -version
java version "1.8.0_25"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_25-b17)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.25-b02, mixed mode)
Módulo 
module load jdk/1.8.0_25

<html>

</html>

Python

http://www.python.org/
Versión 
$ python --version
Python 2.7.3
Módulo - (nativo del sistema)
:!: Paquetes En en sistema solo está instalado el sistema base:
Los usuarios deben instalar otros paquetes en su $HOME
(Información en la página de documentación)

<html>

</html>

Librerías computacionales

MATLAB

http://www.mathworks.es/products/matlab/
Versión R2011a
R2012a
Módulo 
module load matlab/R2011a
module load matlab/R2012a
Comentarios Es posible que ejecuciones largas aparezca el siguiente warning:
Your MATLAB session has timed out. All license keys have been returned.
Aparentemente, este warning no afecta a las ejecuciones activas de MATLAB.
MATLAB emplea internamente, y de manera transparente al usuario, threads para paralelizar ciertas operaciones, por lo que se puede utilizar reservando varios núcleos computacionales dentro de un mismo nodo. Sin embargo, en las versiones instaladas no es posible controlar esta característica, por lo que MATLAB utiliza todos los recursos del nodo asignado, independientemente de los recursos solicitados. Para evitar posibles cancelaciones debido a un uso indebido de los recursos asignados, se recomienda a los usuarios utilizar el paralelismo implícito de MATLAB solo cuando se reserve en exclusividad un nodo del clúster. En cualquier otro caso, se recomienda solicitar únicamente un núcleo computacional y utilizar la opción -singleCompThread, que desactiva el paralelismo implícito de MATLAB para realizar una ejecución secuencial. En este ejemplo, el nombre del script es test.m. 
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=1,walltime=1:00:00
#PBS -N ej-MATLAB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load matlab
matlab -r test -nodisplay -nojvm -singleCompThread
# -r:         indicar el fichero a ejecutar (sin .m)
# IMPORTANTE: incluir la orden quit al final del fichero
# -nodisplay: sin display X.
# -nosplash:  sin pantalla inicial (OPCIONAL)
# -nojvm:     sin entorno java (OPCIONAL)
# -singleCompThread: ejecuta MATLAB secuencialmente

<html> </html>

Octave

http://www.mathworks.es/products/matlab/
Versión 3.6.2
Módulo - (nativo del sistema)
Comentarios En en sistema solo está instalado el sistema base:
Los usuarios deben instalar otros paquetes en su $HOME
(Información en la página de documentación)

<html> </html>

R

http://cran.r-project.org/
Versión 2.15.2
3.2.2
3.3.1
Módulo 
module load R/2.15.2
module load R/3.2.2
module load R/3.3.1
:!: Paquetes Solo está instalado el sistema base:
Los usuarios deben instalar otros paquetes en su $HOME.
(Información en la página de documentación)

<html> </html>

MOSES

http://www.statmt.org/moses/
Versión 2.1.1
3.0
Módulo 
module load moses/2.1.1
module load moses3/3.0

ACML (AMD Core Math Library)

http://developer.amd.com/tools/cpu-development/amd-core-math-library-acml/
Versión 5.2.0_64 gfortran (compilador GCC)
Módulo 
module load acml/5.2.0_64          
module load acmlacml/5.2.0_64_fma4     
module load acmlacml/5.2.0_64_mp       
module load acmlacml/5.2.0_64_mp_fma4
Versión por defecto: acml/5.2.0_64
Comentarios mp: multiprocessor
fma4: fused multiply–add (FMA) operations (wikipedia)
Versiones incompatibles (sólo uno de los módulos puede estar activo)
El frontend no soporta FMA4

<html> </html>

FFTW

http://fftw.org/
Versión 3.3.3
Módulo 
module load fftw

<html>

</html>

WFDB

http://www.physionet.org/physiotools/wfdb.shtml
Versión 10.5.18
Módulo 
module load wfdb

<html>

</html>

OpenCV

http://http://opencv.org/
Versión 2.4.11
Módulo 
module load openCV/2.4.11

Liberías de paso de mensajes

Open MPI

http://www.open-mpi.org/
Versión 1.6.3
Módulo 
module load openmpi

<html>

</html>

MPICH

http://www.mpich.org
http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpi/mpich1-old/
Versiones MPICH1 1.2.7p1
MPICH2 1.4.1
MPICH 3.0
Módulo 
module load mpich/1.2.7p1
module load mpich/1.4.1
module load mpich/3.0

<html>

</html>

Simuladores

TCAD-ATLAS (Silvaco)

http://www.silvaco.com/products/device_simulation/atlas.html
Versión 2012
Módulo 
module load silvaco-tcad

<html>

</html>

SENTAURUS (Synopsys)

http://www.synopsys.com/Tools/TCAD/Pages/default.aspx
Versiones D_2010.03 y G_2012.06-SP1
Módulo 
module load synopsys-sentaurus/D_2010.03
module load synopsys-sentaurus/G_2012.06-SP1

<html>

</html>

IC Design (CADENCE)

http://www.cadence.com/products/cic/Pages/default.aspx
Versiones 6.1.5 (2012-2013)
Módulo 
module load cadence
:!: Comentarios Antes de arrancar ocean es necesario ejecutar
source /optct/cadence/2012-2013/lnx86/cadence.bash
y arrancar ocean dentro de un entorno de X simulado
xvfb-run -a -n 80 -s “-screen 0 640x480x16” ocean < script.ocn
(Información en la página de documentación)