Diferenzas

Isto amosa as diferenzas entre a revisión seleccionada e a versión actual da páxina.

--- centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio [2013/05/14 13:45] – [Tamaño del heap de JAVA] diego.rodriguez
+++ centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio [Unknown date] (actual) – eliminado - edición externa (Unknown date) 127.0.0.1
@@ Liña 1: / Liña 1: @@
-===== Repositorio de documentación del clúster HPC ctcomp2 =====
-(Volver a la [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2|Guía de usuario del clúster HPC ctcomp2]])
-<note important>Under continuous construction...</note>
-==== Hardware ====
-  * 8 servidores blade HP Proliant BL685c G7
-    * 4x AMD Opteron 6262HE (16 cores, 1.6GHz, 16MB L3)
-  * 2 switches 10Gb dúales: Blade HP 6120xg
-  * (**Exclusivos iSCSI**) 2 switches 1Gb: HP GbE2c Layer 2/3 Ethernet Blade
-^ HP ProLiant BL685c G7 Server Blade | [[http://h20000.www2.hp.com/bizsupport/TechSupport/DocumentIndex.jsp?lang=en&cc=us&taskId=101&prodClassId=-1&contentType=SupportManual&docIndexId=64180&prodTypeId=3709945&prodSeriesId=4132829|HP manuals]] |
-^::: | [[http://h10010.www1.hp.com/wwpc/es/es/sm/WF06a/3709945-3709945-3328410-3722793-3722793-4132829.html?dnr=1 | Blade de servidor HP ProLiant BL685c G7- Especificaciones]] |
-^::: | [[http://h20000.www2.hp.com/bizsupport/TechSupport/DocumentIndex.jsp?lang=en&cc=us&taskId=101&prodClassId=-1&contentType=SupportManual&docIndexId=64180&prodTypeId=3709945&prodSeriesId=1844065|HP BladeSystem c7000 Enclosures]] |
-^ Procesador AMD Opteron 6262 HE  | [[http://www.amd.com/es/products/server/processors/6000-series-platform/6200/Pages/6200-series-processors.aspx|Procesadores AMD Opteron™ Serie 6200]] |
-^ ::: | {{:centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:amd_opteron_6000_comparison.pdf|}} |
-^ HP 6120XG Ethernet Blade Switch | [[http://h18006.www1.hp.com/products/blades/components/ethernet/6120xg/index.html|HP specifications]] |
-==== Software ====
-^ GCC      | [[http://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc-4.7.2/gcc/| Manual GCC 4.7.2]] |
-^ :::      | [[http://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc-4.7.2/libgomp/|GCC + OpenMP]] |
-^ JAVA     | [[http://www.java.com/es/about/]] |
-^ :::      | [[#Tamaño del heap de JAVA]] |
-^ Python   | [[http://www.python.org/doc/]] |
-^ :::      | [[#Instalar/actualizar/desinstalar paquetes Python]] |
-^ MATLAB   | [[http://www.mathworks.es/products/matlab/examples.html]] |
-^ R        | [[http://cran.r-project.org/index.html]] |
-^:::       | [[#Instalar paquetes R]]|
-^ ACML     | [[http://developer.amd.com/tools/cpu-development/amd-core-math-library-acml/]] |
-^ FFTW     | [[http://www.fftw.org/#documentation| Documentación oficial]] |
-^ Open MPI | [[http://www.open-mpi.org/doc/]] |
-^ MPICH    | [[http://www.mpich.org/documentation/guides/]] |
-==== Software (administración) ====
-^ Modules    | [[http://modules.sourceforge.net/]] |
-^ PBS/TORQUE | [[http://www.adaptivecomputing.com/products/open-source/torque/]] |
-^ CLUES      | [[http://www.grycap.upv.es/clues/es/index.php]] |
-===== Tamaño del heap de JAVA =====
-En ctcomp2 el tamaño del //heap// de JAVA está limitado al 25% del límite de memoria de la correspondiente cola y, en cualquier caso, con un **tamaño máximo de 8 GB**. Esta limitación garantiza que las aplicaciones JAVA consuman más recursos de los asignados.
-Los usuarios pueden utilizar otros tamaños de //heap// en sus trabajos si modifican, antes de ejecutar JAVA, el valor de la opción ''-Xmx'' de JAVA a través de la variable ''_JAVA_OPTIONS''. Por ejemplo, si queremos que el //heap// tenga 16 GB, el comando sería:
-<code>
-export _JAVA_OPTIONS=-Xmx16777216K
-</code>
-Al modificar el tamaño del //heap// el usuario debe asegurarse, **bajo su responsabilidad**, que el conjunto de procesos que se estén ejecutando concurrentemente en su trabajo no sobrepase el límite de memoria establecido en la correspondiente cola, ya que en ese caso el trabajo será cancelado automáticamente.
-Los usuarios que ejecuten en sus trabajos una sola instancia de java (independientemente de los //threads// que ejecute) podrán establecer sin riesgo el tamaño del //heap// en un valor cercano al límite de memoria de la correspondiente cola.
-===== Instalar paquetes R =====
-Ejemplo de [[inv:r|instalación]] del paquete ''nnet'' en el ''$HOME'' de usuario del clúster ''ctcomp2''. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en unha __sesión //interactiva// en el ''frontend''__.
-  - Crear un directorio ''~/libR'':<code>
-mkdir ~/libR
-</code>
-  - Iniciamos una [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2#Ejecuciones interactivas|sesión interactiva]]:<code>
-qsub -I -q interactive
-</code>
-  - Arrancar el entorno R:<code>
-module load R
-R
-</code>
-  - Ejecutar el siguiente comando dentro de R:<code>
-install.packages("nnet",lib="~/libR/", repos="http://cran.es.r-project.org/")
-</code>
-  - Para usar un paquete instalado en ''~/libR/'', ejecutar dentro de R:<code>
-library("nnet", lib.loc="~/libR/")
-</code>
-===== Instalar/actualizar/desinstalar paquetes Python =====
-En principio, es posible instalar cualquier paquete presente en el [[http://pypi.python.org/pypi|índice de paquetes de python]]. A continuación mostramos un ejemplo de [[inv:python:pip|instalación/actualización/desinstalación]] del paquete ''pywavelets'' en el ''$HOME'' de usuario del clúster ''ctcomp2''. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en una __sesión //interactiva// en el ''frontend''__.
-==== Instalación ====
-Ejecutar el siguiente comando en bash:
-<code>
-pip install --install-option="--user" pywavelets
-</code>
-==== Actualización ====
-Ejecutar el siguiente comando en bash:
-<code>
-pip install --upgrade pywavelets
-</code>
-==== Desinstalación ====
-Ejecutar el siguiente comando en bash:
-<code>
-pip uninstall pywavelets
-</code>